常染色体是与性别无关的染色体，而性染色体则是与生物性别有关。
（一）根据杂交的后代性状是否有性别区分，如果杂交后代雌雄表现性状相同，或无明显的性别差异，则基因位于常染色体上，如果杂交后代的性状有明显的雌雄之分，则基因位于性染色体上。
例4：已知果蝇的红眼和白眼是一对相对性状（红眼R、白眼r），且雌雄果蝇均有红眼和白眼类型。若用一次交配实验即可证明这对基因位于何种染色体上，选择的亲本表现型应为：
白眼雌果蝇×红眼雄果蝇
实验预期及相应结论为：
参考答案：
① 若后代雌雄全为一种表现型（红眼），则这对等位基因位于常染色体上。
② 若后代雌雄中均有两种性状（红眼、白眼），则这对等位基因也位于常染色体上。
③ 若后代雌的为一种性状（红眼），雄的为一种性状（白眼），则这对等位基因位于X染色体上。
例5：在一个稳定遗传的灰身果蝇种群中，出现了一只黑身雄果蝇。假如已知黑身是隐性性状，请设计实验，判断黑身基因是位于常染色体上，还是位于X染色体上。请写出有关的实验步骤、可能的实验结果及相应的实验结论。
参考答案：
第一步，用纯种的灰身雌果蝇与变异的黑身雄果蝇交配，得子一代。子一代都是灰身果蝇，
第二步，将子一代的灰身雌果蝇与原种群的灰身雄果蝇交配，如果后代都是灰身果蝇，则黑身基因位于常染色体上；如果后代出现黑身雄果蝇，则黑身基因位于X染色体上。（其他合理方案，可酌情给分）
（二）根据亲本正交与反交来判断。在该基因位于细胞核中的基础上，可以采用正交与反交的方法，如果杂交后代性状一致则该基因常染色体上，如果后代性状与性别有关则位于X染色体上。
例6：从一个自然果蝇种群中选出一部分未交配过的灰色和黄色两种体色的果蝇，这两种体色的果蝇数量相等，每种体色的果蝇雌雄各半。已知灰色和黄色这对相对性状受一对等位基因控制，所有果蝇均能正常生活，性状的分离符合遗传的基本定律。
请回答下列问题：
（1）种群中的个体通过繁殖将各自的 传递给后代。
（2）确定某性状由细胞核基因决定，还是由细胞质基因决定，可采用的杂交方法是
。
（3）如果控制体色的基因位于常染色体上、则该自然果蝇种群中控制体色的基因型有 种，如果控制体色的基因位于 x 染色体上，则种群中控制体色的基因型有 种
（4）现用两个杂交组合：灰色雌蝇×黄色雄蝇、黄色雌蝇×灰色雄蝇，只做一代杂交试验，每个杂交组合选用多对果蝇。推测两个杂交组合的子一代可能出现的性状，并以此为依据，对哪一种体色为显性性状，以及控制体色的基因位于 x 染色休上还是常染色体上这两个问题，做出相应的推断（要求只写出子一代的性状表现和相应推断的结论）。
参考答案：（1）基因 （2）正交和反交 （3）3；5
（4）如果两个杂交组合的子一代中都是黄色个体多于灰色个体，并且体色的遗传与性别无关，则黄色为显性，基因位于常染色体上。
如果两个杂交组合的子一代中都是灰色个体多于黄色个体，并且体色的遗传与性别无关，则黄色为显性，基因位于常染色体上。
如果在杂交组合灰色雌蝇×黄色雄蝇中，子一代中的雄性全部表现灰色，雌性全部表现黄色；在杂交组合黄色雌蝇×灰色雄蝇中，子一代中的黄色个体多于灰色个体，则黄色为显性，基因位于X染色体上。
如果在杂交组合黄色雌蝇×灰色雄蝇中，子一代中的雄性全部表现黄色，雌性全部表现灰色；在杂交组合灰色雌蝇×黄色雄蝇中，子一代中的灰色个体多于黄色个体，则灰色为显性，基因位于X染色体上。
（二）根据遗传的特点 即根据亲子代性状间的关系来判断
例如：人的耳垢有油性和干性两种，是受单基因（A、a）控制的。有人对某一社区的家庭进行了调查，结果如下表：
组合序号
双亲性状
父 母
家庭数目
油耳男孩
油耳女孩
干耳男孩
干耳女孩
一
油耳×油耳
195
90
80
10
15
二
油耳×干耳
80
25
30
15
10
三
干耳×油耳
60
26
24
6
4
四
干耳×干耳
335
0
0
160
175
合计
670
141
134
191
204
①控制该相对性状的基因位于 染色体上，判断的依据是
参考答案：
（2）①常 从表格数据可判断油耳为显性性状。假设基因位于性染色体上，油耳父亲（XAY）的女儿（XAX-）不能表现为干耳性状，与第一、二组的调查结果不符，所以基因位于常染色体上。