MEGA5.10构建系统进化树

Escherichia coli O157:H7 str. EC4045相关基因的系统进化树构建 以glutamate-ammonia ligase adenylyltransferase 为例 1、进入NCBI主页

2、选择Protien 数据库,输入搜索名称

3、在右侧的 []下,选择其中一个种

4、点击进入第一条目,

5、点击send to 保存文件

6、回到NCBI,到Blast,页面

7、点击进入Protien Blast ,

8、将以上搜索的蛋白质序列输入到搜索框中,进行序列比对

9、在上图中选取10个与原蛋白序列相关性最强的蛋白,一一如上述方法保存,以便接下来进行系统进化树的构建。

10、将10个序列导入MEGA,得到

11、点击Alignment,

12、出现下图,点击

OK

13、得到序列匹配后的,将其保存为“.meg”格式

14

15、重新回到MEGA主页面,打开保存的格式文件

16、点击TA可看到

17、点击C可看到保守序列,V则是可变序列

18、回到主页面,点击Phylogeny

19、点击下图中Compute

20、得到系统进化树


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