实施办法规定了非正常损失所涉及的进项税额不允许抵扣，包括：
（一）非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。
（二）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务。
（三）非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
（四）非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。
纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。
其中，非正常损失，是指因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
理解非正常损失可以从以下三方面把握：
首先非正常损失为什么不允许抵扣。
这是由于现行的购进扣税法（基本步骤是先用销售额乘以税率，得出销项税额，然后再减去同期各项外购项目的已纳税额，从而得出应纳增值税额。）蕴含着以下公式：
应纳增值税额=增值额×税率=(产出-投入)×税率
=销售额×税率-同期外购项目已纳税额
=当期销项税额-当期进项税额
当某一原材料投入不再产生价值增值的时候，实际上就是到了产品增值过程的末端，理应负担相应的增值税税负。换句话说，进项税额的抵扣是以购进的产品能够参与增值过程并产生销项税额为基础的。
我们的日常生产过程中，总有些损耗是无法避免的，比如下脚料、残次品什么的，这可以看成是生产增值过程中必不可少的一个环节，所以相应的进项税是可以抵扣的。
但是有些非正常的损失，不是生产过程中必须的，是纳税人自身的原因造成的。这部分的损耗就没有产生增值，所以相应的进项税就不能继续抵扣了。我们也可以理解为这部分的商品的最终价值是在本环节最终实现了，此时纳税人就是负税人，相应的进项税就不再可以抵扣了。
其次是非正常损失的范围。
现行政策对非正常损失进行了限缩解释，将其局限为因管理不善造成货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。这样的话在通常意义上的正常损耗和非正常损失之间就存在一种特殊的损失，就是不可抗力，诸如台风、地震、滑坡、泥石流造成的损失。
从民法的角度看，这部分的损失无关乎责任，只关乎风险，能做的要么找保险公司，要么自认倒霉。而这部分的损失虽然也没有产生价值增值，但是也可以抵扣进项税，实际上体现了国家对纳税人的照顾。因为这些不可抗力造成的损失往往是巨大的，纳税人此时最需要的是积极开展生产自救，此时再将其损失作进项税转出实际上会加重其负担，也不现实。（也算是国家和纳税人共担风险啦）
但是，是不是全部的不可抗力造成的损失都可以抵扣呢？笔者认为这种观点也是错误的。主要是因为不可抗力并没有免除纳税人的管理责任。只有纳税人尽到了管理责任依旧没有办法免除的损失才是不可抗力造成的损失。这主要包括两个方面，第一是灾害发生前避免损失的责任，第二是灾害发生后避免损失扩大的责任。
比如说，纳税人明明知道后天要刮台风，低洼地带很可能积水，依旧把商品存放在低洼地带。结果台风一来，商品全都泡水里霉烂了。表面上看，确实是台风造成的商品霉烂，但是实际上是纳税人没有尽到管理责任造成的损失。
再比如，雷电引发的山林大火，纳税人明明可以把损失局限在某一特定范围，结果啥也不干，坐等烧完。那么对于损失扩大的部分，其实纳税人是有管理不善的责任的。
当然啦，理论是一回事，实践中取证证明又是另外一回事了。
第三是关于非正常损失的不动产进项税转出计算问题。
现在关于不动产的非正常损失是使用不动产净值率计算。
其中不动产净值率＝（不动产净值÷不动产原值）×100%
不可抵扣进项税额＝增值税扣税凭证注明或计算的进项税额×不动产净值率
制度在设计这一环节的时候，认为虽然不动产的进项税额是分两次在13个月内全部计入了抵扣的进项税额中，但是不动产参与企业商品价值增值的过程是十分漫长的。企业在会计核算中，通过计提折旧的方式将不动产的价值一点一点的分摊到生产的商品的价值里。在改变不动产用途时，不动产的净值就是不动产尚未参与到商品价值增值过程的余额，这部分的进项税要进行转出。
谈到这里就得多说一句，当某项不动产，改变了用途从不得抵扣进项税额的状态转为可以抵扣的情况，可以认为此时不动产的净值将会参与商品的价值增值过程，也应当使用净值率来计算可以抵扣的进项税额。
但是在此时财税[2016]36号文件和国家税务总局公告2016年第15号在计算方法上有了不同的规定。
财税[2016]36号文件的规定：“按照《试点实施办法》第二十七条第（一）项规定不得抵扣且未抵扣进项税额的固定资产、无形资产、不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额的应税项目，可在用途改变的次月按照下列公式计算可以抵扣的进项税额：
可以抵扣的进项税额=固定资产、无形资产、不动产净值/（1+适用税率）×适用税率
上述可以抵扣的进项税额应取得合法有效的增值税扣税凭证。”
国家税务总局公告2016年第15号规定： 按照规定不得抵扣进项税额的不动产，发生用途改变，用于允许抵扣进项税额项目的，按照下列公式在改变用途的次月计算可抵扣进项税额。
可抵扣进项税额＝增值税扣税凭证注明或计算的进项税额×不动产净值率
依照本条规定计算的可抵扣进项税额，应取得2016年5月1日后开具的合法有效的增值税扣税凭证。
按照本条规定计算的可抵扣进项税额，60%的部分于改变用途的次月从销项税额中抵扣，40%的部分为待抵扣进项税额，于改变用途的次月起第13个月从销项税额中抵扣。
两个文件的计算方式不同。笔者理解应当按照国家税务总局公告2016年第15号规定执行。首先，15号公告属于特别法的范畴，而36号文件属于一般法，应当按照特别法优于一般法的规定执行。其次，36号文件中，忽视了不动产在构建过程中可能实际上涉及了多个税率，需要分开核算的情况，片面的乘以单一税率有可能导致纳税人少抵或者多抵进项税的情况，而15号公告的计算方式更加符合抵扣的实际。