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医学核心期刊目前主要以北京大学图书馆出版的《中文核心期刊要目总览》和中国科学技术信息研究所出版的中国科技论文统计源期刊(中国科技核心期刊)目录为参照标准，同时各地高校和卫生机构根据各地的需要按期刊的影响引子等条件将医学类期刊分为一类、二类或者A、B、C、D等，这种分类方法由于各地的要求不统一，所以没有统一的标准。
综合性医药卫生类核心期刊
1、中华医学杂志
2、第四军医大学学报(改名为：医学争鸣) 3、第三军医大学学报 4、第二军医大学学报 5、第一军医大学学报（改名为：南方医科大学学报） 6、解放军医学杂志 7、北京大学学报.医学版 8、吉林大学学报.医学版 9、四川大学学报.医学版 10、中国医学科学院学报 11、中国现代医学杂志 12、复旦学报.医学版 13、华中科技大学学报.医学版 14、中山大学学报.医学科学版 15、中南大学学报.医学版 16、西安交通大学学报.医学版 17、浙江大学学报.医学版 18、南京医科大学学报.自然科学版 19、广东医学 20、军事医学科学院院刊 21、上海第二医科大学学报（改名为：上海交通大学学报.医学版） 22、上海医学 23、郑州大学学报.医学版 24、江苏医药 25、山东大学学报.医学版 26、中国医科大学学报 27、实用医学杂志 28、山东医药 29、哈尔滨医科大学学报
30、重庆医学
31、重庆医科大学学报 32、天津医药 33、安徽医科大学学报 34、苏州大学学报.医学版 35、武汉大学学报.医学版 36、首都医科大学学报 37、医学与哲学.人文社会医学版 预防医学、卫生学类核心期刊 1、中国公共卫生 2、中华医院感染学杂志 3、中华流行病学杂志 4、卫生研究 5、营养学报 6、中华预防医学杂志 7、中华劳动卫生职业病杂志 8、中华医院管理杂志 9、环境与健康杂志 10、工业卫生与职业病 11、中国卫生统计 12、中国工业医学杂志 13、中国职业医学 14、环境与职业医学 15、国外医学卫生学分册 16、中国卫生经济 17、毒理学杂志 18、中国计划生育学杂志 19、中国食品卫生杂志 20、现代预防医学 21、中国慢性病预防与控制 22、中国妇幼保健 23、中国学校卫生 24、中国血吸虫病防治杂志 25、中国卫生事业管理 26、生殖与避孕 中国医学类核心期刊 1、中草药 2、中国中药杂志
3、中国中西医结合杂志
4、中国针灸 5、中成药 6、北京中医药大学学报 7、中药材 8、中国中医基础医学杂志 9、中药药理与临床 10、中华中医药杂志 11、针刺研究 12、中药新药与临床药理 13、南京中医药大学学报 14、中国实验方剂学杂志 15、辽宁中医杂志 16、时珍国医国药 17、中医杂志 18、新中医 19、中国中西医结合急救杂志 20、中国天然药物 基础医学类核心期刊 1、中国病理生理杂志 2、中华微生物和免疫学杂志 3、生物医学工程学杂志 4、解剖学报 5、中国免疫学杂志 6、免疫学杂志 7、细胞与分子免疫学杂志 8、中国临床解剖学杂志 9、生理学报 10、解剖学杂志 11、中国心理卫生杂志 12、中国生物医学工程学报 13、中国人兽共患病杂志（改名为：中国人兽共患病学报） 14、生理科学进展 15、中华病理学杂志 16、神经解剖学杂志 17、现代免疫学 18、病毒学报 19、中国寄生虫学与寄生虫病杂志
21、国外医学.免疫学分册（改名为：国际免疫学杂志） 22、中华医学遗传学杂志 23、中华实验和临床病毒学杂志 24、国外医学.生物医学工程分册（改名为：国际生物医学工程杂志） 25、基础医学与临床 临床医学类核心期刊 1、中国危重病急救医学 2、中国医学影像技术 3、中国临床康复（改名为：中国组织工程研究与临床康复） 4、中华检验医学杂志 5、中国超声医学杂志 6、中华超声影像学杂志 7、中华物理医学与康复杂志 8、中华护理杂志 9、临床检验杂志 10、临床与实验病理学杂志 11、中国康复医学杂志 12、中国急救医学 13、检验医学 14、中华急诊医学杂志 15、中国全科医学 16、中国实用护理杂志 17、中国医学影像学杂志 18、中国输血杂志 19、中国实验诊断学 20、中国临床医学影像杂志 21、护士进修杂志 内科学类核心期刊 1、中华结核和呼吸杂志 2、中华内科杂志 3、中华心血管病杂志 4、中华内分泌代谢杂志 5、中华血液学杂志 6、中华肝脏病杂志 7、中华消化杂志 8、中国地方病学杂志 9、中华肾脏病杂志
11、中华糖尿病杂志（改名为：中国糖尿病杂志） 12、世界华人消化杂志 13、中华传染病杂志 14、中华风湿病学杂志 15、中国实用内科杂志 16、中国动脉硬化杂志 17、中国循环杂志 18、高血压杂志（改名为：中华高血压杂志） 19、中国老年病杂志 20、临床心血管病杂志 21、中国内镜杂志 22、肠外与肠内营养 23、中国心脏起搏与心电生理杂志 24、中华消化内镜杂志 外科学类核心期刊 1、中华外科杂志 2、中华骨科杂志 3、中华泌尿外科杂志 4、中华创伤杂志 5、中国实用外科杂志 6、中华实验外科杂志 7、中华显微外科杂志 8、中华神经外科杂志 9、中国修复重建外科杂志 10、中华烧伤杂志 11、中华麻醉学杂志 12、中华胸心血管外科杂志 13、中华普通外科杂志 14、中华手外科杂志 15、中国矫形外科杂志 16、中华整形外科杂志 17、中国脊柱脊髓杂志 18、中国器官移植杂志 19、中国普通外科杂志 20、肾脏病与透析肾移植杂志 21、中华肝胆外科杂志 22、临床泌尿外科杂志
24、中华胃肠外科杂志 25、中国微侵袭神经外科杂志 26、中华男科学杂志 妇产科学类核心期刊 1、中华妇产科杂志 2、中国实用妇科与产科杂志 3、实用妇产科杂志 4、现代妇产科进展 儿科学类核心期刊 1、中华儿科杂志 2、中国实用儿科杂志 3、临床儿科杂志 4、实用儿科临床杂志 5、中华小儿外科杂志 6、中国当代儿科杂志 肿瘤学类核心期刊 1、中华肿瘤杂志 2、癌症 3、中国肿瘤临床 4、肿瘤 5、中华放射肿瘤学杂志 6、中国肿瘤生物治疗杂志 7、肿瘤防治研究 8、中国癌症杂志 9、实用肿瘤杂志 神经病学与精神病学类核心期刊 1、中华神经科杂志 2、中国神经精神疾病杂志 3、中华精神科杂志 4、中风与神经疾病杂志 5、中国行为医学科学 6、临床神经病学杂志 7、中华老年心脑血管病杂志 8、国外医学.脑血管疾病分册（改名为：国际脑血管病杂志） 9、中华神经医学杂志 皮肤病学与性病学类核心期刊 1、中华皮肤病杂志
3、中国皮肤性病学杂志 耳鼻咽喉科学类核心期刊 1、中华耳鼻咽喉头颈外科杂志 2、临床耳鼻咽喉科杂志（改名为：临床耳鼻咽喉头颈外科杂志） 3、听力学及言语疾病杂志 4、中国耳鼻咽喉头颈外科 眼科学类核心期刊 1、中华眼科杂志 2、中华眼底病杂志 3、中国实用眼科杂志 4、眼科研究 5、眼科新进展 口腔科学类核心期刊 1、中华口腔医学杂志 2、华西口腔医学杂志 3、实用口腔医学杂志 4、牙体牙髓牙周病学杂志 5、口腔医学研究 特种医学类核心期刊 1、中华放射学杂志 2、临床放射学杂志 3、实用放射学杂志 4、中华核医学杂志 5、中国运动医学杂志 6、中华放射医学与防护杂志 7、航天医学与医学工程 8、中国医学计算机成像杂志 9、放射学实践 10、介入放射学杂志 药学类核心期刊 1、药学学报 2、中国药学杂志 3、中国药理学通报 4、药物分析杂志 5、中国新药杂志 6、中国新药与临床杂志 7、中国医院药学杂志
8、中国医药工业杂志
9、中国药科大学学报 10、中国抗生素杂志 11、沈阳药科大学学报 12、中国药理学与毒理学杂志 13、中国临床药理学杂志 14、中国药房 15、中国生化药物杂志 16、中国现代应用药学 17、华西药学杂志