發燒的原因很多，各種感染都會發燒，感冒雖然最常見，但是其它部位的感染一樣會有發燒的現象，例如腦炎、中耳炎、肺炎…..等等。
要注意的是如果發燒的時候沒有別的感冒症狀存在，不咳嗽，也沒有流鼻涕、鼻塞，喉嚨也不痛時，就要考慮到是不是不是感冒？有沒有它症狀或不舒服存在？例如：如果同時有嘔吐，頸部僵直時，就要考慮是否得到腦炎、腦膜炎；如果發現小便的量太少、顏色不對，就要考慮是否有小便發炎。
小朋友最常見的三種最常造成發燒的疾病是：感冒、中耳炎、與泌尿道感染。
有時候在感冒的同時也會合併有其它地方的感染，不能只注意到感冒而忽視了其它的併發症。例如：最常見的是中耳炎。所以在醫學上做檢查的時候，用耳鏡檢查耳朵是標準動作之一，其意義就是怕同時有可中耳炎的存在，但是外表的症狀還不明顯。最常造成中耳炎的原因是感冒的細菌病毒由耳咽管向上感染到中耳，醫學上稱之為上行性感染。嚴重的中耳炎可以看到膿流到耳朵之外，但是大部份由外表是看不到甚麼不正常的。
此外，很重要的另一個疾病就是泌尿道感染，這也是最常引起寶寶發燒的三大疾病之一。泌尿道感染包括在尿道、膀胱以及腎臟的任何一部份發炎。平均每一千位小朋友中有１.４位至２位有泌尿道感染，年齡愈小，小男生比較多，大約一歲以後，女生比較多。所以當小朋友有原因不明顯的發燒時，驗尿檢查也是很重要的。大小孩在泌尿道感染時可能出現頻尿、小便痛、甚至於有小便失禁、腰痛的現象。小的嬰兒則可能只有厭食、吐奶、腹瀉、黃疸等現象，看不出泌尿道方面的症狀，所以非常容易誤診。
一般性的小便發炎基本上要連續服葯兩個星期才能完全恢後，比較複雜的還要反覆驗尿確定。中耳炎的治療也是要至少兩個星期，這兩種疾病千萬不要太早停葯，因為有的時候表面上不發燒了只是表示症狀好了一部份，剩餘在裡面的細菌還沒有完全根除，太早停葯容易復發、出現併發症或軟轉為慢性。少部份的泌尿道感染是因為泌尿器官先天上發育畸型，例如腎臟的型狀不對，輸尿管進入膀胱的角度不對等等，則要要用手術治療。